国际空间站像地球一样存在许多细菌和微生物，但通常不是问题，一方面空间站比地球上的许多环境更干净，日常清洁活动被计划在航天员任务时间表中。送到国际空间站的货物和飞船在发射前要经过严格的清洁处理和微生物监测。空间站航天员要花10天时间进行飞行前检疫。另一方面，科学家定期监测空间站和其他航天器的内部，每三个月一次在空间站的两个地点抽样，从表面和空气中收集的样品在一种特异于细菌、另一种用于真菌的培养基上培养。这些样品返回地面之后，科学家们鉴别生长在其上的每一种生物。结果显示空间站含有与地球上大多数办公室和家庭中相同的微生物。

国际空间站饮用水的处理方式与处理地球上饮用水类似，可以杀灭微生物并阻止其生长。国际空间站的饮用水系统也要进行定期监测。监测结果显示，航天员的饮用水在微生物学上比在地球上任何东西都要干净。

自2013年以来一直在进行的长期空间旅行对航天员微生物群的影响研究，主要探究太空旅行如何影响人类免疫系统和个体的微生物群落，研究人员将定期从航天员不同身体部位和国际空间站采集样品回到地球进行分析。此外，NASA和斯隆基金会最近也合作开展了一项支持研究建筑环境的微生物群落或人造环境的微生物生态系统（在这种情况下是空间站）的研究项目。

研究人员认为应该研究微生物监测航天器的新方法，NASA已经进行并继续密切监测国际空间站，以确保为航天员提供一个安全健康的环境。